Die Gründung der Pfarrei Margetshöchheim ist in der Stiftungsurkunde vom 16. Juli 1754 festgehalten. Schon mehr als 400 Jahre zuvor beginnt die urkundlich gesicherte Beschreibung eines Kirchenbaus in Margetshöchheim. Die Pfarrkirche St. Johannes der Täufer ist bereits der dritte Kirchenbau an gleicher Stelle. Nahe am Main gelegen bildet sie mit dem benachbarten Rathaus und dem Rathausinnenhof eine einladende Altortmitte. Der vorbeilaufende Mainradweg lädt viele Radfahrende und Ausflügler zum Verweilen ein.
Ihre heutige äußere Gestalt erhält die Kirche bei der letzten Innenrenovierung im Jahr 2000, die ihren Abschluss mit der Altarweihe durch den damaligen Diözesanbischof Dr. Paul-Werner Scheele am 21. Januar 2001 fand. Dieser schreibt in seinem Grußwort: "Das Gotteshaus passte sich den Bedürfnissen der Gemeinde an, um für jede Generation der passende Raum für die Begegnung mit Gott im Gebet, in der Gemeinschaft, in seinem Wort und in der Eucharistie zu sein. [...] Solche Anpassung an die Bedürfnisse der Gegenwart darf nicht beim Kirchengebäude stehen bleiben. Die Mitglieder der Gemeinde müssen sich fragen: Wie muß sich unsere Gemeinschaft wandeln, damit in ihr die Liebe Gottes erlebbar wird? Wie geben wir am Besten Zeugnis von der Frohen Botschaft, wie bringen wir sie zu denen, die den Weg zu uns noch nicht gefunden haben? So wird auch die Kirche aus lebendigen Steinen sicht stets nach ihrer Gestalt fragen müssen. Die wird ihr gelingen, wenn sie sich immer wieder auf Christus aks ihre Mitte hin ausrichtet."
Mit ihren Gruppen und Angeboten versucht unsere Pfarrei dies in die Tat umzusetzen.